Rafetus swinhoei đang ở tình trạng cực kỳ nguy cấp, gần như đã sắp tuyệt chủng. Trong hàng chục năm đầu thế kỷ 20, loài này bị săn bắt bừa bãi để tiêu thụ tại các địa phương cũng như do việc sử dụng mai và xương trong y học. Đầu rùa cũng thường bị lưu giữ lại làm kỷ niệm.[2]

Mẫu vật cuối cùng đánh bắt được trong tự nhiên ở Trung Quốc là vào năm 1972 tại Cá Cựu; con rùa này sau đó đã được chuyển tới vườn thú Thượng Hải[3].

Con rùa tại hồ Hoàn Kiếm ở trung tâm Hà Nội, Việt Nam, đã được nhìn thấy và chụp ảnh nhiều lần. Gần đây, một số ý kiến, như của nhà sinh học Hà Đình Đức cho rằng con rùa tại hồ Hoàn Kiếm có thể là một loài riêng, với tên gọi khoa học là Rafetus leloii, tức rùa Hồ Gươm. Tuy nhiên, các tác giả Farkas B. và Webb R.G. vào năm 2003[4] cho rằng danh pháp R. leloii là một đơn vị phân loại không hợp lệ và chỉ là từ đồng nghĩa muộn của R. swinhoei.

Năm 2016, người ta chỉ tìm ra được 3 con còn sống; trong đó 2 tại Trung Quốc, đều ở Tây Viên tự (西园寺) ở Tô Châu; con thứ 3 ở hồ Đồng Mô (Sơn Tây, Hà Nội).

Con thứ 4 là tại hồ Hoàn Kiếm đã chết ngày 19/1/2016[2]. Trước đó, con thứ 5 ở vườn thú Thượng Hải đã chết cuối năm 2006, còn con thứ sáu tại vườn thú Bắc Kinh đã chết năm 2005[5].

Ngày 13/4/2019, con cái ở Tô Châu đã chết sau khi thực hiện 1 cuộc thụ tinh nhân tạo. Đây là tổn thất nặng nề cho nỗ lực bảo tồn loài rùa này, bởi giờ đây cả Trung Quốc chỉ còn lại 1 con đực đã già, và hiện Trung Quốc chưa tìm thấy con cái nào khác để ghép cặp sinh sản.

Như vậy, đến năm 2020 thì Trung Quốc chỉ còn 1 con đực đã già, còn Việt Nam chỉ còn 1 con cái đang ở tuổi sinh sản. Tình trạng của loài này đang cực kỳ nguy cấp. Nếu không sớm tìm ra cách thực hiện thụ tinh nhân tạo cho 2 cá thể này, hoặc tìm được cá thể khác để ghép đôi sinh sản (tìm ra thêm 1 con cái ở Trung Quốc hoặc 1 con đực ở Việt Nam), thì loài rùa này sẽ sớm bị tuyệt chủng trong tương lai gần.